y no me acuerdo cuales me faltan jeje

VirtualBox
Rhythmbox
Pidgin
Liferea
FileZilla
Firefox
Pyroom
Gnucash (antes lo solía usar mucho)
EasyTAG
Gimp
Totem
Paquete XAMPP

:) en fin.. LINUX RULES! :p
saludos

Firefox (Browser)
Songbird (Music)
Deluge (Bit Torrent Client)
Pidgin (MSN + Gtalk + Facebook + …)
VLC (Video Player)
Google Docs (Office Tools, OpenOffice me parece un desastre)
Skype (VoIP)
Gnome Do (Dock + Launcher + File Searchs )
Dropbox (Folder Sync)
TweetDeck (Twitter Client)
Arista Transcoder (Video Encoder)
Google Gadgets (Desktop Gadgets)
Guake (Nice Terminal)
Ubuntu Tweak (Ubuntu Configuration)
Eclipse (Programming)
Octave (Computing Tool)
VirtualBox (Virtualization)

Las de un servidor de medios hogareño:
Apache2 (Servidor Web)
Nano (Editor de texto)
Firefly DAAP (Compartir la música dentro de la red)
OpenSSH (Conexiones seguras al server)
TorrentFlux (Cliente torrent PHP)

Omito aquellas aplicaciones que obviamente todo sistema linux tiene incorporado.

Transsmision para descargar y pidgin para hablar. Wine + Spotify y songbird para musica

Ademas tengo mogollon de aplicciones web con prism, como gmail, gcalendar, remember the milk, etc…

Tener tengo instalado  muchisimos programas, pero estos son los que uso casi a diario

El resto complementarios: transmission, jdownloader, skype, openoffice, virtualbox, brasero, gedit, picasa…

Firefox.
amsn
skype
pidgin
openoffice
yakuake
Filezilla
Frostwire
amule
wicd
Yuuguu
netbeans
amarok
wine

En el mundo de software libre,  hay alternativas para todo!!!

En cuanto a recomendaciones de apps para Linux, no puedo aportar mucho. Lo uso más bien esporádicamente y sólo uso los programas más populares (Amarok, FFox, OOo, etc.)

banshee,  Listen y RadioGUI (para mi musica y radio)
Kompozer (html)
FilezillaFTP
VIM 
ssh y rdesktop (para trabajar remotamente)
seguro me olvido de algo importante como el programa para redimencionar imagenes con el click derecho.
pero el que NO puedo olvidar es URBAN-TERROR  -  Check your fire!!!

GIMP: Si se necesita editar imagenes de forma rapida o una pequeña obra de arte, GIMP no puede faltar

Gedit: Editor de textos increible, con una gran cantidad de plugins. Puede ser utilizado para editar simples archivos o para programar.

VLC: Excelente reproductor, lo mejor de todo es que es multi-plataforma

OpenOffice: Con la version 3 han venido buenas mejoras, es una gran suite ofimatica.

Gnome-Do: Si se utiliza Gnome, Do es un complemento perfecto. Es tanto un lanzador de aplicaciones como una Dock, pero es mucho mas que una Dock tradicional, es de probarlo.

ChoqoK: Sin duda el mejor cliente para Twitter en Linux. Facil de usar y bastante bonito. Es para KDE pero igual se puede instalar en otros entornos.

Firefox: Uno de los mejores navegadores que existen, y que no puede faltar en ninguna instalacion de Linux.

Banshee: Buen reproductor de audio, con soporte para iPods y otros dispositivos, integracion con Last.fm, y si no me equivoco reproduce video tambien.

Transmission: Uno de los mejores clientes de torrent para Linux

las categorias te las debo :p

Las separo a grandes rasgos en categorías, advirtiendo de antemano que las herramientas que más conozco en profundidad son las relativas al desarrollo e implementación de software.

Desarrollo/Programación: LAMP, Wine, MonoDevelop, Emacs, Gambas.

Multimedia: Banshee (audio), MPlayer (video).

Internet: Mozilla Firefox, GAIM.

Ofimática: OpenOffice.org, Xpdf.

Seguridad: clamAV, Nmap, Firestarter.

Bueno, eso nomás me acuerdo, despues por las dudas voy agregando. Abrazo!!!

Además, muchas aplicaciones ya las usamos online (lector de rss, ofimatica, mail, calculadoras para casi todo) o como plugins de firefox (notificadores de rss o mail, gpg, clientes de casi cualquier cosa, etc)

Para los que nos gusta la consola, casi todas las distribuciones traen todo lo imprescindible (con algunas excepciones como tree y less que no entiendo porque cojones no lo meten en debian cuando saben que es lo primero que el 99.999% de los usuarios instala)

Pero como aplicaciones de escritorio:
Firefox
Emacs
Songbird (antes usaba amarok, la pena es que aún no tenga ecualizador)
Emacs
Mplayer
Emacs
TrueCrypt
gnome-do (dios como envidiaba esto de los mac, katapult salió justo cuando me cansé de kde)
Emacs (hace un café riquisimo)
Filezilla
¿he dicho Emacs?
Pidgin
rTorrent (o cualquier cliente grafico), jDownloader, aMule, etc
ssh (entiendo que no venga el servidor pero no porque no traen el cliente por defecto)
git (¿que más le puedo pedir a un control de versiones?)

De los efectos de escritorio me quedo con el “scale” (el ¿composite? en MacOS) al poner el cursos en la esquina sup-derecha se ven thumbs de todas las ventanas abiertas en todos los escritorios (lo demás son adornos)

No veo que virtualbox/vmware sea “impresncinble” (como complemento tal vez), si dependes de otro SO demasiado ¿no deberías usar ese otro so en lugar de linux? Si la usas para virtualizar linux prefiero algo como xen o en muchos casos directamente con chroot.

#Flavio: define obsoleto hombre, no nos dejes así, iluminanos… mira que si he estado equivocado todos estos años, a lo mejor podría hacer mi trabajo con win y una mano metida en el bolsillo y la otra dando clicks con el ratoncito por los novedosos iconos que invaden la pantalla en una explosión de color, ufff ardo en deseos de saber :) Lo siento me lo has dejado muy fácil.

Creo que no me olvido ninguno

openoffice.org, firefox, thunderbird, pidgin, xchat, filezilla, nero linux (si, si se que no es SL), evince, bitorrent transmision, inkscape, gimp, decibel audio player, mplayer, xmame, zsnes, conky

eso para el dia a dia, para desarrollo

bluefish, apache2, mysql, python, nano, mysql workbench, virtualbox, vinagre (cliente vnc), wine, ies4linux

como manejador de ventana prefiero usar enlightenment (e17), aunque cambio de manejador de ventana o entorno de escritorio cada cierto tiempo.
favoritos:
-fluxbox
-blackbox
-window maker
-e17
-openbox
-gnome