Si bien hoy en día la mayoría de las aplicaciones que necesitan correr en segundo plano vienen con la opción de minimizar a la bandeja del sistema (barra tray), hay algunas que al no estar diseñadas para eso no nos dan esa comodidad, algo que es necesario si trabajamos con muchos programas abiertos y queremos liberar la barra de tareas minimizando lo que no ocupemos. Para hacer esto encontré dos herramientas que les comento a continuación:

Por un lado tenemos la opción que nos traen desde Acceso Directo, se llama TrayEverything, y es la más completa de las dos, lo que no quiere decir que sea la mejor. Pero te da la posibilidad de minimizar cualquier aplicación utilizando la interfaz visual del programa o mediante atajos de teclado que nosotros mismos podemos definir.

La segunda opción viene de la mano de MakeUseOf, y es a través de una aplicación llamada Tray It!, que es un poco más sencilla que la aneterior, pero eso dependerá del uso que le vayamos a dar, yo prefiero esta. Nos permite crear perfiles de usuario para que cada uno tenga sus configuraciones y lo puedan usar varias personas, también nos deja configurar atajos de teclado para minimizar los programas, configurarlo para que inicie con Windows, etc.